Tuberkulosis (TB) merupakan penyakit infeksi dan penyebab utama kematian sehingga menjadi masalah kesehatan yang besar di dunia. Indonesia merupakan negara peringkat ke-2 penderita TB tertinggi di dunia setelah India dengan proporsi kasus baru sebesar 13% dibandingkan seluruh kasus di dunia. Adapun alur penegakan diagnosis cukup kompleks sehingga dibutuhkan inovasi yang membantu klinisi untuk melakukan diagnosis hingga pada penentuan resistensi dengan cara yang lebih cepat. Gold standard pemeriksaan resistensi secara fenotipik menggunakan kultur Drug Susceptibility Testing (DST) yang bisa menggambarkan secara keseluruhan, waktu yang dibutuhkan sekitar 8 minggu. Adanya terobosan baru untuk melakukan pemeriksaan resistensi dengan lebih cepat menggunakan targeted Next Generation Sequencing (tNGS)/ Whole Genome Sequencing (WGS) merupakan program nasional yang dilaksanakan oleh tim Biomedical Genome Science Initiative (BGSi) Hub Infectious Disease.
Balai Laboratorium Kesehatan masyarakat (Labkesmas) Batam ditunjuk sebagai laboratorium jejaring targeted Next Generation sequensing (tNGS) untuk pemeriksaan target sekuensing sampel yang berasal dari Balai Besar Laboratorium Kesehatan Masyarakat (BBLKM) Palembang Palembang. Untuk penguatan kapasitas petugas laboratorium, RSPI Sulianti Suroso bersama tim Oxford Nanopore Technology melakukan onsite training kepada petugas Laboratorium Mikrobiologi dan Biomolekuler Labkesmas Batam (Anita Sofia, Qodirin Afdhol, Zulia Isnaini dan Arisda Yusmanti) pada tanggal 28 s.d 30 Agustus 2024. Kegiatan Onsite Training Penguatan Kapasitas Pemeriksaan tNGS TB Project BGSi Hub TB Labkesmas Batam pada hari pertama dimulai dengan kegiatan ekstraksi sampel sputum pasien TB yang sudah didekontaminasi oleh BBLKM Palembang dan dikirm ke Labkesmas Batam. Praktikum dilaksanakan langsung pada sampel yang sudah ke Balai Labkesmas Batam sebanyak 18 sampel. Kegiatan hari kedua dilanjutkan dengan proses amplifikasi dengan PCR dari hasil sampel yang sudah diekstraksi pada hari pertama, hal ini bertujuan untuk memperbanyak DNA sebelum preparasi target gen untuk disekuensing. Sampel kemudian dilakukan preparasi untuk dilakukan sekuensing menggunakan GridION Oxford Nanopore Technology (ONT). Pada Hari ketiga dilanjutkan dengan pembacaan hasil sekuensing untuk melihat kaitannya dengan resistensi terhadap Obat Anti Tuberkulosis (OAT) lini pertama dan lini kedua. [Anita]